Son Santuarios de la Naturaleza todos aquellos sitios terrestres o marinos que ofrezcan posibilidades especiales para estudios e investigaciones geológicas, paleontológicas, zoológicas, botánicas o de ecología, o que posean formaciones naturales, cuya conservación sea de interés para la ciencia o para el Estado.
Chile cuenta actualmente con 59 monumentos nacionales en la categoría de santuarios de la naturaleza.
| Monumento | Ubicación |
| Humedal de la desembocadura del Río Lluta | Arica |
| Cerro Dragón | Iquique |
| Quebrada de Chacarilla | Pica |
| Salar de Huasco | Pica |
| Laguna Tebenquiche | San Pedro de Atacama |
| Valle de la Luna | San Pedro de Atacama |
| Granito Orbicular | Caldera |
| Estero Derecho | Paihuano |
| Humedales de Tongoy | Coquimbo |
| Laguna Conchalí | Los Vilos |
| Quebrada Llau Llau | Los Vilos |
| Raja de Manquehua – Poza Azul | Salamanca |
| Sitio denominado Monte Aranda | Los Vilos |
| Acantilados Federico Santa María | Valparaíso |
| Bosque Las Petras de Quintero y su entorno | Quintero |
| Campo dunar de la Punta de Concón | Concón |
| El Zaino – Laguna El Copín | Santa María |
| Humedal de Tunquén | Algarrobo |
| Isla de Cachagua | Zapallar |
| Isla de Salas y Gómez | Isla de Pascua |
| Islote o Peñón Peña Blanca y las formaciones rocosas de la Punta de Peña Blanca | Algarrobo |
| Islote Pájaros Niños | Algarrobo |
| Islotes adyacentes a Isla de Pascua | Isla de Pascua |
| Laguna El Peral | El Tabo |
| Palmar El Salto | Viña del Mar |
| Promontorio rocoso Roca Oceánica | Concón |
| Quebrada de Córdova | El Quisco / El Tabo |
| Serranía El Ciprés | San Felipe |
| Altos de Cantillana, Horcón de Piedra y Roblería Cajón de Lisboa | Alhué / Melipilla |
| El Ajial | Paine |
| Fundo Yerba Loca | Lo Barnechea |
| Horcón de Piedra | Melipilla |
| Predio Los Nogales | Lo Barnechea |
| Predio Cascada de Las Ánimas | San José de Maipo |
| Predios San Francisco de Lagunillas y Quillayal | San José de Maipo |
| Quebrada de la Plata | Maipú |
| San Juan de Piche | Alhué |
| Sector del Cerro El Roble | Tiltil |
| Torcazas de Pirque | Pirque |
| Bosque de Calabacillo | Navidad |
| Cerro Poqui | Coltauco |
| Predio Alto Huemul | San Fernando / Romeral / Teno |
| Área denominada Humedales Costeros de Putú – Huenchullami | Constitución / Curepto |
| Cajón del Río Achibueno | Linares / Longaví / Colbún |
| Humedal de Reloca | Chanco |
| Laguna Torca | Vichuquén |
| Predio “El Morrillo” | San Clemente |
| Rocas de Constitución | Constitución |
| Islote Lobería e Iglesia de Piedra | Cobquecura |
| Reserva Nacional Los Huemules del Niblinto | Coihueco |
| El Natri | Contulmo |
| Península de Hualpén | Hualpén |
| Humedales de los ríos Cruces y Chorocomayo | Valdivia |
| Alerzales existentes en el fundo “Potrero de Anay” | Dalcahue |
| Bosque fósil de Punta Pelluco | Puerto Montt |
| Isla Kaikué-Lagartija | Calbuco |
| Parque Pumalín | Chaitén / Cochamó/ Hualaihué |
| Capilla de Mármol | Río Ibáñez |
| Estero de Quitralco | Aysén |
| Bahía Lomas | Primavera |